Аморгос, остров синих вод, находится на юго-восточной окраине Киклад, между Наксосом, Малыми Кикладами и Астипалеей. Благодаря своему географическому положению Аморгос является связующим звеном между Кикладами и островами Додеканес. Аморгос расположен в 136 морских милях от афинского порта Пирей.
На острове есть две естественные гавани: Катапола в центральной части и Эгиали на севере. Берега острова в значительной его части скалистые и обрывистые. Аморгос имеет вытянутую форму (18 миль в длину и от 1,5 до 5 миль в ширину), а протяженность береговой линии достигает 112 км.
Суровый горный пейзаж характерен для района Эгиали, где находится высшая точка острова – гора Крукеллос (821 м.), в центральной части (Профитис Илия, 698 м.) и на западе (Аспро вуно, Вуно ту хорью или Коракас, 630 м.). Меж гор находятся небольшие долины: Колофонас на западе, Катаполон в центре, а также Камариу, Аркесинис и Агиу Павлу.
Геологическая история Аморгоса уникальна для Киклад: в отличие от других островов древнейшей породой здесь являются сланцы, а новейшей – известняк, и именно они составляют основную часть местного грунта. В своей нынешней форме остров образовался примерно 700 000 лет назад, когда значительная часть локальной суши ушла под воду.
Растительность на Аморгосе представлена в основном кустарниками: здесь произрастают фисташки, метельник, а в плодородных долинах в районах Катапола, Като Мерья и Эгиали – оливки и другие плодовые деревья. На склонах гор выращивают виноградники и некоторые злаки. Несмотря на то, что Аморгос считается островом со скудной зеленью, он богат растениями-эндемиками, в особенности редкими лекарственными травами.
Для Аморгоса характерен здоровый островной климат. Особенно теплое лето - в области Эгиали, так как из-за особенностей рельефа сюда не проникают северные ветры «мельтеми», дующие на Кикладах.