Das phönizische Wort „phelekgundari“ heißt steiniges Land und ist eine mögliche Herkunft für den Name Folegandros. Eine andere Version meint, dass die Insel den Namen ihres ersten Siedlers, Folegandros, Sohnes des Königs Minoas von Kreta, bekam. Während der venezianischen Besetzung trug die Insel den Namen „Polykandros“.
Nach der Eroberung Konstantinopels in 1204 und der venezianischen Herrschaft in Ägäis, stritten um Folegandros die Franken und die Türken, die mithilfe Frankreichs auf der Insel in 1617 herrschten.
Folegandros bleibt unter der Herrschaft des Osmanischen Reiches bis 1828, als sie mit Griechenland vereinigt wurde.
In der Zeit der Metaxas-Diktatur wurde Folegandros wieder, was sie während der römischen Besetzung war: Ein Ort des Exils.