Η ευρύτερη περιοχή των Μικρών Κυκλάδων κατοικήθηκε ήδη από την 3η χιλιετία π.Χ., στην εποχή του Κυκλαδικού Πολιτισμού. Στη γειτονική Κέρο και στα νησιά γύρω από τη Σχοινούσα έχουν έρθει στο φως σημαντικά ευρήματα και τα περίφημα κυκλαδικά μαρμάρινα ειδώλια, που τοποθετούν την περιοχή στον πυρήνα του αρχαιότερου πολιτισμού του Αιγαίου.

Στους ιστορικούς χρόνους η Σχοινούσα, όπως όλες οι Μικρές Κυκλάδες, βρέθηκε στη σφαίρα επιρροής της ισχυρής Νάξου. Παρέμεινε ένα μικρό, αραιοκατοικημένο νησί, εκτεθειμένο στις επιδρομές των πειρατών που για αιώνες καθιστούσαν επικίνδυνη τη ζωή στα ανοιχτά νησιά του Αιγαίου.

Κατά τη Φραγκοκρατία, μετά το 1207, το νησί εντάχθηκε στο Δουκάτο του Αιγαίου των Ενετών, με έδρα τη Νάξο, και αργότερα πέρασε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Λόγω των πειρατικών επιδρομών, ο μόνιμος πληθυσμός έμεινε για μεγάλα διαστήματα ελάχιστος, και η συστηματική επανακατοίκηση ήρθε κυρίως τον 19ο αιώνα, με οικογένειες που ήρθαν από την Αμοργό και τη Νάξο.

Στη νεότερη εποχή η Σχοινούσα στηρίχθηκε στη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία, με τους κατοίκους να καλλιεργούν ελιές και δημητριακά και να ζουν από τη θάλασσα. Τις τελευταίες δεκαετίες, ο ήπιος τουρισμός έφερε νέα ζωή στο νησί, χωρίς όμως να αλλοιώσει τη γαλήνη και την αυθεντικότητα που παραμένουν το κύριο χαρακτηριστικό του.