История Аморгоса теряется в глубине веков и неразрывно связана с развитием Эгейского моря и кикладской цивилизации. В древности остров был известен под разными именами — Пагали, Психия, Каркисия и Мелания. Согласно античным географам и лексикографам, на Аморгосе было три важных города: Аркесини на месте Кастри, Миноа на месте Мундулия близ Катаполы и Эгиали на месте Вигла в Толарии.

Археологические находки свидетельствуют, что остров был заселён уже в V тысячелетии до н. э., раскрывая значительный вклад Аморгоса в формирование кикладской цивилизации. Они также подтверждают тесные связи острова с Наксосом, Паросом и другими районами Эгейского моря.

В III тысячелетии до н. э. Аморгос переживает расцвет кикладской цивилизации, оставившей в наследие знаменитые кикладские идолы — сегодня символы доисторического искусства Эгеиды. Затем следует микенский период, а позже остров заселяют милетяне из Малой Азии и наксосцы. В классическую эпоху он участвует в Первом Афинском союзе, играя активную роль в событиях времени.

С III по II век до н. э. Аморгос последовательно попадает под влияние и зависимость различных держав восточного Средиземноморья — македонян, Птолемеев, самосцев, родосцев, а позже римлян. В эллинистическую эпоху господствуют культы того времени, а в IV веке н. э. происходит постепенная христианизация древних мест поклонения.

Частые набеги сарацинских пиратов в византийское время вынудили жителей организовать оборону. Для этого они укрепились в Замке Хоры, в Кастри и в обширной сети из 23 оборонительных башен, разбросанных по всему острову.

Особое место в истории Аморгоса занимает чудотворная икона Панагии Хозовиотиссы, которая, по преданию, прибыла на остров из Палестины в период иконоборчества. В 1088 году император Алексей I Комнин профинансировал обновление монастыря Панагии Хозовиотиссы — одного из важнейших византийских памятников Эгеиды и вневременного символа Аморгоса.

В венецианский период остров приобретает новые архитектурные черты, следы которых сохранились до наших дней. Среди важнейших памятников эпохи выделяются Башня Гавраса, Като-Лаккос и характерные мощёные лоджии.

Период османского владычества знаменует для Аморгоса время экономического роста и церковного возрождения. В 1822 году остров становится центром провинции формирующегося греческого государства, а в 1829 году на средства монастыря Панагии Хозовиотиссы основывается одна из первых школ новорождённого греческого государства.

После Второй мировой войны Аморгос сталкивается со значительным сокращением населения из-за внутренней и внешней миграции жителей. Однако в последние десятилетия остров вступает в новый период роста: туризм становится ключевой опорой местной экономики и на международном уровне раскрывает уникальную природную красоту, историю и подлинную кикладскую идентичность Аморгоса.