L'histoire d'Amorgos se perd dans la nuit des temps et est inextricablement liée à l'évolution de la mer Égée et de la civilisation cycladique. Dans l'Antiquité, l'île était connue sous divers noms, tels que Pagali, Psychia, Karkisia et Melania. Selon les géographes et lexicographes antiques, Amorgos comptait trois cités importantes : Arkesini au site de Kastri, Minoa au site de Moundoulia près de Katapola, et Aegiali au site de Vigla à Tholaria.

Les découvertes archéologiques montrent que l'île fut habitée dès le Ve millénaire av. J.-C., révélant la contribution majeure d'Amorgos à la formation de la civilisation cycladique. Elles confirment aussi les liens étroits de l'île avec Naxos, Paros et d'autres régions de l'Égée.

Au IIIe millénaire av. J.-C., Amorgos connaît l'apogée de la civilisation cycladique, qui a légué en héritage précieux les célèbres idoles cycladiques, aujourd'hui symboles de l'art préhistorique de l'Égée. Suit la période mycénienne, puis l'île est colonisée par des Milésiens d'Asie Mineure et des Naxiens. À l'époque classique, elle participe à la Première Ligue athénienne, jouant un rôle actif dans les événements de l'époque.

Du IIIe au IIe siècle av. J.-C., Amorgos passe successivement sous l'influence et la dépendance de diverses puissances de la Méditerranée orientale, comme les Macédoniens, les Ptolémées, les Samiens, les Rhodiens et plus tard les Romains. À l'époque hellénistique prévalent les cultes du temps, tandis qu'au IVe siècle apr. J.-C. s'opère la christianisation progressive des anciens lieux de culte.

Les fréquentes incursions des pirates sarrasins à l'époque byzantine obligèrent les habitants à organiser leur défense. À cette fin, ils se fortifièrent dans le Château de Chora, à Kastri et dans un vaste réseau de 23 tours défensives dispersées sur toute l'île.

Une place particulière dans l'histoire d'Amorgos revient à l'icône miraculeuse de la Panagia Hozoviotissa qui, selon la tradition, parvint sur l'île depuis la Palestine à l'époque de l'iconoclasme. En 1088, l'empereur Alexis Ier Comnène finança la rénovation du monastère de la Panagia Hozoviotissa, l'un des monuments byzantins les plus importants de l'Égée et symbole intemporel d'Amorgos.

Pendant la période vénitienne, l'île acquiert de nouvelles caractéristiques architecturales, dont les traces subsistent encore aujourd'hui. Parmi les monuments les plus importants de l'époque se distinguent la Tour de Gavras, Kato Lakkos et les loggias pavées caractéristiques.

La période de la domination ottomane marque un temps de développement économique et de renaissance ecclésiastique pour Amorgos. En 1822, l'île devient le siège d'une province de l'État grec en formation, et en 1829, financée par le monastère de la Panagia Hozoviotissa, l'une des premières écoles du jeune État grec est fondée.

Après la Seconde Guerre mondiale, Amorgos connaît une forte baisse de sa population en raison de l'émigration interne et externe de ses habitants. Cependant, ces dernières décennies, l'île entre dans une nouvelle période de croissance, le tourisme devenant un pilier essentiel de l'économie locale et mettant en valeur, à l'échelle internationale, la beauté naturelle unique, l'histoire et l'identité cycladique authentique d'Amorgos.