Il 10° secolo a.C. Sikinos fù abitata dagli Iones. Il 5° secolo a.C. stette sotto la dominazione degli Ateniesi.
Sikinos seguì il destino delle isole Cycladi e passò sucessivamente nelle mani dei Romani, dei Bizantini, dei Veneziani e dei Turchi.
Nel periodo Veneziano fecce parte del Ducato di Naxos.
Il 1537 cadò sulle mani dei Turchi mentre il 1829 venne riunita con il resto della Grecia.