Según la mitología su nombre procede de Sikinos, hijo del rey Thoanda de Limnos. Durante la Antigüedad se llamaba Oinoi, porque en la isla florecía la viticultura y producía vino refinado.
En el siglo X a.C. Sikinos fue poblada por los jonios mientras en el siglo V a.C. la isla estaba bajo el dominio de los atenienses.
Sikinos al igual que las demás islas Cícladas, conoció el dominio de los romanos, bizantinos, venecianos y turcos.
Durante el dominio de los venecianos se incorporó al Doukato de Naxos.
En 1537 la isla fue conquistada por los turcos y en 1829 se unió a Grecia.