L'isola fù abitata dagli anni antichi. Secondo la tradizione suo nome proviene dalla pianta di Schinos che si trova sull isola. Una seconda versione racconta che il nome fù dato dal nobile Veneziano Schinoza.
Molti reperti archeologici mostrano che Schoinoussa partecipò nella costruzione della prima civiltà delle Cycladi che come centro ebbe Keros.
Negli anni Bizantini furono sviluppate molte attività commerciali come dimostrano i reperti ceramici e i numerosi tempi Bizantini ormai distruti.
In alcuni periodi storici per gli assalti dei pirati, l'isola rimase abbandonata. Dalla metà del diciannovesimo secolo l' sola venne riabitata dalle famiglie di Amorgos.