L'île est habitée de l'antiquité. Selon la tradition, son nom dérive du lentisque, la plante broussailleuse qui prospère à travers l'île. Selon une autre version, l'île a pris son nom du noble vénitien, Schinoza.
Beaucoup de découvertes archéologiques à l'île prouvent que Schinoussa a participé à la création de la civilisation cycladique précoce, dont le centre a été limitrophe Keros.
L'île a démontré une grande activité d'exportations pendant la période byzantine, comme on peut comprendre par les découvertes céramiques et le grand nombre des temples byzantins détruits.
Pendant beaucoup de périodes historique l'île a été abandonnée par ses résidents, à cause des attaques fréquentes des pirates. Du milieu du 19ème siècle l'île a commence à être habitée une fois encore, surtout, par des familles d'Amorgos.