La isla fue habitada desde los tiempos antiguos.Según la tradición su nombre lo debe a la planta arbustiva Schino que crece por toda la isla. Sin embargo hay otra versión que sostiene que Schinoza el gobernante veneciano dió el nombre a la isla.
Muchos hallazgos arqueológicos en la isla muestran que Schinousa había contribuido en la creación de la civilización Protocíclada griega que tenía centro la isla vecina Keros.
Durante el periodo bizantino mostró actividad comercial intensa como demuestran los abundantes hallazgos cerámicos y los numerosos destruidos templos bizantinos.
En diversas etapas históricas la isla fue abandonada por sus habitantes, por las frecuentes incursiones de piratas. Desde los mediados del siglo XIX la isla empezó a rehabitarse principalmente por familias provenientes de Amorgos.