Edad de Piedra: Descubrimientos arqueológicos muestran la existencia de una sociedad desarrollada, ya desde el 4º milenio a.C. Desde entonces Naxos está habitada constantemente.
Edad de bronce (3200-1100 a.C.). Naxos se plantea en la zona de Egeo en el 3er milenio a.C. como centro significativo de la “Civilización Cíclada”. Los descubrimientos de las excavaciones de ese periodo histórico, están expuestos en el Museo Arqueológico de Naxos en Chora y en el museo arqueológico de Apeiranthos.
A los principios del 2º milenio a.C. el bastón de mando de Egeo pasa a los minoicos para entregarla en su torno a los micenios en los medios del milenio. El centro de gravevadad de los acontecimientos se traslada a los centros micénicos de la Grecia continental que utilizan a las Cícladas como puente para su extención hacia el Este.
Periodo geométrico (1100-700 a.C.). En los años que vienen los jonios colonizan a Naxos y empieza un periodo de gran auge para la isla.
Periodo arcaico (700-480 a.C.). El desarrollo se culmina durante los tiempos arcaicos (VII – VI s. a.C.), y se acompaña de un auge en las artes, especialmente en la escultura y la arquitectónica. En esto ha contribuido la riqueza del subsuelo de Naxos, la abunadancia de mármol que era la primera materia y el esmeril que se usaba para la rectificación final de las obras. La escultura de la época arcaica se representa en Naxos por los dos tremendos medioterminados Kouros, el “Kouro ton Melanon”, y el “Kouro de Apolo”. La investigación arqueológica reveló asimismo dos muy importantes templos de los tiempos arcaicos en las afueras de Naxos, El sagrado de Irion, al sur de Chora en la zona Livadi, y el Sagrado de Giroula, cerca del pueblo Sangri. A la misma época (VI s. a.C.) pertenece también el gran templo de Apolo (Portara), en la isla Palatia, en el borde del puerto. En 490 a.C. Naxos fue destruida por los persas.
Periodo clásico (480-323 a.C.): Tras la derrota total de los persas por los griegos, Naxos pasa a ser miembro de la Liga Ateniense.
Periodo helenístico (323-41 a.C): Al periodo helenístico pertenece un monumento importante de Naxos, el “Pirgos de Chimarou” que se encuentra cerca del pueblo Filoti. Otra torre de antigua Grecia es el “Palaiopirgos tis Plakas”, entre el pueblo Trípodes y la playa de Plaka.
Periodo romano (41 a.C.-330 d.C.): en 41 a.C. Naxos pasa a ser provincia romana y sirve como lugar de exilio.
Periodo bizantino (330-1204 d.C): La llegada del Cristianismo (4º s. d.C.) encuentra a Naxos en periodo de invisibilidad. Muchas iglesias se construyeron por encima de templos antiguos. En la actualidad las iglesias de Naxos son más de quinientas. La” Panagia Drosiani”, cerca del pueblo Moni, y la “Panagia i Protothroni”, en el pueblo Chalki, constituyen monumentos importantes del periodo palaiocristiano. A los tiempos bizantinos pertenece cronológicamente el templo fortificado de “Fotodoti Christou”, fuera del pueblo Danakos. Al mismo periodo los bizantinos construyen castillos, como el Castillo del Monje, que está construido en la cima de una colina inaccesible, en la orilla septentrional de la isla. En el oeste de la cuenca de Tragea, se encuentra el Castillo de Arriba. En Naxos central se encuentra el Castillo de Apalirou, construido en la orilla de una montaña áspera. En sus estribaciones se situaba la capital de Naxo bizantina.
Dominio veneciano (1204 - 1537 d.C): En 1207 Marcos Sanoudos, desembarca junto a sus hombres en la bahía de Agiassos y tras un asedio domina a la isla. Gradualmente conquista 18 islas más de Egeo, funda al Doukato de Egeo con sede en Naxos e impone al feudalismo. Además traslada su capital desde el castillo de Apalirou, al lugar de Chora actual. En la colina que es naturalmente la acropolis de la isla, Sanoudos construyó el Castillo de Chora con materiales de la ciudad antigua. La noblesía construyó sus torres en las afueras (torres venecianas) como casa de veraneo o como protección en caso de ataques de los piratas. Torres posteriores (17º s.) son el torre de Agia (se ha destruido en los últimos años por incendio) en la costera septentrional de Naxos, y la torre monasterio de Panagia Ipsilotera, fuera del pueblo Galini.
Dominio otomano (1537-1829 d.C): Naxos permaneció bajo el dominio de los turcos hasta el 1829, año en el que fue incluida al estado griego.
Historia moderna: Monumentos de la historia moderna de la isla constituyen las minas de esmeril, que se encuentran en la parte oriental de la isla en el camino hacia Liona. Los productos agrícolas y ganaderos de Naxos dan a la isla autosuficiencia económica. El turismo descubrió a Naxos básicamente en la década de los '80.