Kythnos prende il suo nome da Kythno, il capo dei Driopi e primo abitante sull'isola. Secondo un'altra versione il nome dell'isola si basa sulla radice “κυθ”, che proviene dal verbo κεύθω (nascondere) che allude il nascondiglio, il punto dove si nasconde una persona.
Gli scavi recenti sulla parte di Maroulas, hanno portato sulla luce del sole alcuni reperti che dimostrano che l'isola fù abitata dal periodo Mesolitoco. Questo fatto indica una grande probabilità che Kythnos fù la prima delle isole Cycladi ad essere abitata.
IL tredicesimo secolo a.C. secondo Irodoto, gli Driopi arrivarono sull'isola e costruiranno le mura ciclopee e molti tempi.
Gli Iones furonno gli abitanti sucessivi dell'isola. Kythnos partecipò con una triiris (nave da guerra) alla guerra Persiana e diventò membro dell'alleanza Ateniese. Dopo, Kythnos diventò parte dell'impero romano e viene inclusa al “Tema dell'Egeo” dai Bizantini.
Nel periodo che l'isola stette sotto la dominazione dei Veneziani e occupata da Marco Sanudo prese il nome “Thermia” (a causa delle fonti d'acqua calde presenti sul suo territorio).
Rimane sotto la dominazione Veneziana anche dopo il saccheggio di Barbarossa (1537), mentre nel periodo della guerra Russa Turca, viene conquistata dai Russi.
Il 1827, l'isola riprese il nome “Kythnos” e partecipò alla lotta della rivoluzione contro i Turchi. Negli anni del regno di Ottone, fù un paese di esilio per i rivoluzionari e gli opposti politici. Il 1862, rivoluzionari da Syros domandarono la liberazione dei prigionieri (opposti politici di Ottone). Quella manifeatazione portò i scontri con il militare governativo sulla baia di Agias Eirinis. Lo scontro finì con la morte dei rivoluzionari Leotsakos, Moraitinis e Skravelis.
Oggi, gli abitanti di Kythnos si occupano del turismo senza però abbandonare le loro attività agricole e le altre attività. Offrono al visitatore la perfetta combinazione del paesaggio cyclade con il mare pulito, il pesce fresco e gli altri prodotti tipici (carne, latticini, ortaggi).