Le nom de l'île dérive de Kythnos, le chef des Dryopes et le premier résident de l'île. Une autre version est que le nom se base sur la racine "kyth", qui dérive du verbe " keftho"(qui veut à dire cacher) et sous-entend la retraite ou quelqu'un peut se cacher.
Les excavations récentes à la région Maroulas ont exposé des découvertes qui prouvent que l'île était habitée pendant la période Mésolithique. Ce fait sous-entend que peut-être l'installation la plus ancienne des gens aux Cyclades a eu lieu ici.
Le 13ème siècle, selon Hérodote, les Dryopes sont venus à l'île et ils ont édifie des murs cyclopéens et des temples impressionnants.
Les Ioniens étaient les prochains résidents de l'île. Kythnos participe aux Guerres Médiques avec une trière et devient un membre de la Confédération Athénienne. Plus tard, l'île fait partie de l'état roman est elle est comprise au thème de l'Égée par les Byzantins.
Pendant la période de l'occupation Vénitienne, Kythnos est prise par Marco Sanudo et s'appelle "Thermia" (ça veut dire chaleur) à cause des eaux thermales de l'île.
Elle reste sous l'occupation des Vénitiens après le saccage de Barberousse (1537), et pendant la Guerre russo-turque elle est prise par les Russes.
En 1827, l'île s'appelle "Kythnos" une nouvelle fois et participe à la lutte pour la libération contre les Turcs. Pendant le règne d'Othon elle a été le lieu un lieu d'exile pour les rebelles et les ennemis politiques. En 1862 des révoltés de Syros, dont le but était la libération les prisonniers opposants à Othon, se sont affrontés à l'Armée du gouvernement à la baie d'Agia Eirini. Le résultat était l'étouffement de la révolte et les révoltés Leotsakos, Moraitinis, et Skravelis ont été les victimes.
Aujourd'hui, les résidents de Kythnos s'occupent du tourisme mais ils n'ont pas abandonné leurs occupations agricultures. Ils offrent la combinaison parfaite du paysage merveilleux cycladique avec les mers propres, les produits locaux (de la viande, des fruits et des légumes, des produits laitiers) et le poisson frais aux visiteurs.