En la celebración de Agios Georgios, que es el protector de la isla, tras la misa, se realiza la procesión del icono. El «panigiras», un isleño comprometido al Santo, pasa por toda la isla teniendo en las manos el icono. Las calles por donde pasa están llenas de flores, mientras lo acompañan todas las naves a lo largo de la costa. El convoy termina en la iglesia del pueblo, donde se ofrece comida (ternera hervida y callos) y bebida para todos los presentes. Por la noche la fiesta sigue en las tabernas de la isla.
La Semana Santa y la Pascua en Koufonisi ofrecen devoción junto con un color rico insular. El Viernes Santo el puerto se ilumina de una punta a otra con antorchas, en cambio a la hora de la Resurección toda la isla tiembla por las bengalas.
El último sábado de junio se hace la fiesta del «Pescador». Se ofrecen pescados fresquitos, deliciosas especialidades y bebidas para todos y los instrumentos tradicionales musicales excitan a los visitantes. Todas las tiendas permanecen cerradas y la fiesta se realiza por las calles y la plaza.
Fiesta insular el 20 de julio, en la celebración de Profitis Ilias.
El 15 de agosto, con naves, que parten muy temprano, toda la isla viaja hasta el Kato Koufonisi para asistir a la misa de la iglesia de Panagia. Tras la misa sigue un almuerzo, oferta de los habitantes, con pescados fritos, cordero o cabrito. En el regreso se hace una competencia entre las naves, la que entra primera en el puerto gana. Vencedores y perdedores comparten por la noche comida bajo la música de los violínes.
Si se encuentra en Koufonisi una noche con luna llena, observar un espectáculo único: En el horizonte, en la cresta de la vecina Keros se marca muy claramente la forma de una pareja o de una figura femenina acostados perezosamente en las aguas de Egeo.