Irakleia o Arakleia e nel medioevo Irakleitsa, mantiene suo nome dagli anni antichi. Gli importanti reperti archeologici che oggi sono esposti sui Musei, mostrano che Irakleia ebbe uno sviluppo grande dal 3200-1000 a.C. Periodo nella quale fiorì la civiltà delle isole Cycladi.
In alcuni periodi storici per gli assalti dei pirati, l'isola rimase abbandonata. Verso la fine del diciottesimo secolo gran parte di Irakleia divenne sterile con pocchi terreni coltivabili ( “metochia”) e terreni serviti solo per l'allevamento del bestiame. Qusti terreni venerro sfruttati dai monaci del monastero di Chozoviotissa che coprirono cosi i loro bisogni.
E'noto che Irakleia appartenne al monastero. Il 1826 cominciò la prima illegale abitazione dagli abitanti di Aigialis a Amorgos. Il 1831, il monastero permise agli abitanti di Aigialis a venire sull'Irakleia. Firmò un contratto con loro di durata decennale mantenendo il diritto del posesso e dello sfruttamento del terreno e dei prodotti da esso estratti, in una analogia del 50%.