La palabra fenicia "phelekgundari" significa tierra rocosa y es un posible orígen del nombre de Folegandros. Otra versión dice que la isla recibió su nombre de su primer habitante Folegandros, hijo de Minoa, rey de Creta. Durante el dominio veneciano su nombre oficial es “Polykandros”.
Folegandros posterior a la Caída de Constantinopla por los francos en 1204 y el dominio de los venecianos en Egeo, se convierte en objeto de reinvindicación entre los francos y los turcos, los que con la contribución de Francia dominan a la isla ya definitivamente en 1617.
Folegandros se encuentra bajo la dominación turca en 1715 y se une a Grecia en 1828.
En los tiempos de la dictadura de Metaxas Folegandros vuelve a ser lo que era en el periodo romano, lugar de exilio.