I primi abitanti di Antiparos furono i Fenici da Sidona e dopo di loro arrivarono molti altri occupatori. In antichità Antiparos fù conosciuta come Olarios e stette sempre collegata con la storia di Paros. La prima nomina dell'isola come Antiparos fù il tredicesimo secolo d.C. La parola è antica e in seguito della mitologia l'Antiparos fù uno dei 50 figli di Egitto che ebbe ucciso esattamente come gli altri 48 fratteli suoi da Kritomithea, sua sposa ed una delle 50 Danaides.
Nel periodo Bizantino e sino il tredicesimo secolo d.C. e la rivoluzione greca del 1821, l'isola soffriva di numerosi attachi dei pirati da Algeria, la Creta, la Cephalonia ed altre parti. Il 1537 Antiparos col resto delle Cycladi cadde sulle mani di Barbarossa (pirata spaventoso) e degli Ottomani. In tale periodo Antiparos subì tantissimi disastri sia dai pirati che dai conquistatori. Gli abitanti dell'isola furono dai primi delle Cycladi a partecipare sulla rivoluzione Greca contro i Turchi. Il 1932 l'isola divenne ufficialmente parte dello stato Greco.
Nel periodo della seconda guerra mondiale l'isola fù usata come base segreta degli alleati. Un capitolo importante della seconda guerra mondiale fù “l'operazione Antiparos”. Questa operazione portò sulla cattura e finalmente l'esecuzione di molti greci patrioti e molti alleati.