Durante los tiempos históricos, los primeros habitantes de Antiparos fueron los fenicios de Sidona, a ellos siguieron varios conquistadores. En la Antigüedad Antiparos era conocida como Oliaros y su trayectoría histórica está estrechamente conectada con la de Paros, de la cual era parte integrante. La primera referencia a Antiparos con su nombre actual se hace apenas en el siglo XIII d.C. Sin embargo la palabra es antigua, pues según la mitología, Antiparos era uno de los 50 hijos de Egipto, quien fue asesinado igual que sus 48 hermanos, de su cónyuge Kritomithea, que era una de las 50 Danaidas.
Durante el periodo bizantino y hasta los principios del siglo XIII d.C. y la Revolución griega del 1821, la isla sufre por ataques de piratas desde Algería, Creta, Kefalonia y otras partes.En 1537 Antiparos junto a las demás islas cícladas cae en las manos de los otomanos y del tremendo pirata Barbarosa. Durante ese periodo Antiparos sufrió muchos desastres por los ataques tanto de los conquistadores como de los piratas. Los habitantes de la isla fueron de los primeros de las cícladas que tomaron parte en la guerra de la independencia contra los turcos. La isla se hizo formalmente parte del Estado griego en 1832.
Durante la segunda guerra mundial, sirvió como base secreta de los aliados. Un capitulo significativo de la historia de la segunda guerra mundial es el “Intento Antiparos”, que acabó con la detención y ejecución de muchos griegos patriotas y aliados.