Nel antichità Amorgos veniva chiamata Pagali, Psichia, Karkasia e Melania. Secondo gli antichi geografi e lessicografi Amorgos aveva tre città, l'Arkesini (posto di Kastri), la Minoa (posto Mountoulia di Katapoles), l'Aigiali (posto Vigla a Tholaria). I reperti storici mostrano che la prima abitazione di Amorgos fù stata il 5° milenio a.C. Mostrano oppure il collegamento stretto dell'isola con Paros, Naxos ed altre parti lontane e anche le basi culturali della civiltà Cycladi.
Nel terzo milenio a.C. la civiltà Cycladi lasciò le sue tracce con le famosi eidolia (statuette) . Segue la civiltà Micenea. Dopo Amorgos divenne colonia degli Militi provenienti dalla Piccola Asia e dagli Nassii e partecipò alla prima alleanza Ateniese. Dal 3°-2° secolo a.C. Amorgos cambiò in continuazione tutori. Stette sotto la protezione dei Macedoni, dei Tolemi, dei Sami dei Rodi e dei Romani. Inizialmente dominarono i culti religiosi dell'età Ellenistica e dal 4° secolo d.C. il Cristianesimo. Gli assalti dei Saraceni forzarono gli abitanti a fortificarsi su Kastri e le altre 23 torri dell'isola.
L'arrivo da Palestina del miracoloso quadro della Panagias Chozoviotissas fù dell'epoca di iconoclastia. Il 1088 venne ristrutturato il monastero dall'imperatore Alessio Comneno.
Segue il periodo della dominazione dei Veneziani. Residui architettonici di quel periodo sono la torre di Gavras, il Kato Lakkos le lastricate Lozes.
Nel periodo della Turcocrazia, Amorgos fiorì economicamente. Venne oppure notato un rinascimento ecclesiastico. Il 1822 Amorgos divenne sede dello stato Greco appena fondato. Il 1829, venne costruita una delle prime scuole greche con fonti provenienti dal monastero di Panagias Chozoviotissas.
Dopo la seconda guerra mondiale la popolazione diminuì per la migrazione verso il resto della Grecia e verso l'estero. Gli ultimi 20 anni si presenta uno sviluppo intenso del turismo sull'isola.