Pendant l'antiquité Amorgos s'appelait Pagkali, Psychia, Karkisia et Melania. Selon des géographes et des lexicographes anciens elle avait trois villes, c'est à dire Arkesini (site Kastri), Minoa (site Mountoulia Katapolon) et Aigiali (site Vigla à Tholaria). Les découvertes historiques révèlent qu'Amorgos a été habitée pendant le 5ème millenium avant Jésus-Christ pour la première fois, et démontrent le niveau culturel de la Civilisation Cycladique à l'île aussi que ses relations avec Naxos, Paros et autres régions isolées.
Pendant le 3ème millenium avant Jésus-Christ, la civilisation cycladique a mis sa marque avec les statuettes fameuses, et puis c'est la civilisation mycénienne qui suit. Ensuite, la colonisation par les Milésiens de l'Asie Mineure et les résidents de Naxos a lieu, et Amorgos participe à la Première confédération Athénienne. Il y a une alternance incessante des gouverneurs de l'île du 3ème -2ème siècle, et une dépendance aux Macédoniens, aux Ptoléméens, aux originaires de Samos, Rhodes ainsi qu'aux Romans. Les cultes de la période Hellénistique sont présents et le 4ème siècle apporte la christianisation des places cultuelles anciennes. Les attaques des pirates Sarrasins forcent les résidents à se fortifier au Kastro, Kastri et aux 23 châteaux de l'île.
L'arrivée de l'icône miraculeuse de Panagia Chozoviotissa de la Palestine date de la période iconoclaste. En 1088 la restauration du Monastère a eu lieu par Alexios Comnène.
Ensuite, il ya la période de l'occupation vénitienne. Les vestiges architecturelles de l'époque sont le château de Gavras, Kato Lakkos et les pavées Lozes.
La période de l'occupation Ottomane est une période de développement économique et de renaissance ecclésiastique à Amorgos. En 1822, l'île devient le siège d'une sous-préfecture de l'état Hellénique récemment crée. En 1829 une des premières écoles grecques est bâtie aux frais du Monastère de Panagia Chozoviotissa.
Après la deuxième guerre mondiale, la population diminue à cause de l'immigration intérieure et extérieure des résidents. Pendant les 20 derniers ans, il y a un grand développement du tourisme.