Каменный век. Археологические находки свидетельствуют о постоянном существовании на Наксосе развитого общества уже с 4 тысячелетия до н.э.
Бронзовый век (3200-1100 гг. до н.э.). В 3 тысячелетии до н.э. Наксос является значимым центром Кикладской культуры. Археологические находки, относимые к этому периоду, можно увидеть в Археологическом музее Наксоса в Хоре, а также в Археологическом музее в Апирантосе.
На заре 2 тысячелетия до н.э. эстафету морского господства в Эгейском регионе принимают минойцы, чтобы затем в свою очередь передать ее микенцам. Центр событий перемещается в микенские города материковой Греции, а Киклады используются как мостик к землям Востока.
Часть микенской столицы Наксоса ( 1300 г. до н.э.) была обнаружена под площадью митрополии в городе Хора (археологический парк Гроттас).
Гомеровская эпоха (1100-700 гг. до н.э.). В этот период Наксос колонизируют ионийцы, что стало для острова началом длительного периода развития.
Архаический период (700-480 гг. до н.э.). В эту эпоху (7-6 вв. до н.э.) Наксос достигает пика развития, сопровождавшегося расцветом искусств, прежде всего скульптуры и архитектуры. Этому способствовали и богатства недр Наксоса: обширные месторождения мрамора – основного исходного материала, а также наждака, использовавшегося для окончательной полировки изваяний. Скульптура архаического периода на Наксосе представлена двумя исполинскими незавершенными статуями-куросами в Апполонасе и Меланесе. Кроме того, в сельских районах Наксоса были обнаружены два архаических алтаря (алтарь Ирион в Ливади южнее Хоры и алтарь Гирула недалеко от деревни Сагри.
К этому же периоду (6 век до н.э.) относится и большой храм Аполлона в Портаре, на островке Палатия, на краю гавани. В 490 г. до н.э. Наксос был разрушен персами.
Классический период (480-323 гг. до н.э.). После того, как греки нанесли персам окончательное поражение, Наксос вступает в Афинский морской союз.
Эллинистический период (323- 41 гг. до н.э.). К эллинистическому периоду относится значимый памятник Наксоса – «Башня Химарру» рядом с деревней Филоти. Еще одна древняя башня - Палеопиргос Плакас – находится между деревней Триподес и побережьем Плаки.
Римский период (41 π.Χ -330 гг.). В 41 г. Наксос вошел в состав римской провинции и использовался как место ссылки.
Византийский период (330-1207 гг.). Во время распространения христианства (в 4 веке н.э.) Наксос переживал смутные времена. Многие христианские храмы были построены на фундаменте древних языческих алтарей. Сегодня на Наксосе более пятисот церквей, среди них – такие раннехристианские памятники, как храм Богородицы «Дросиани» недалеко от деревни Мони и храм Богородицы «Прототрони» в деревне Халки. В византийский период также был построен монастырь Христа Светоча («Фотодотис Христос») недалеко от деревни Данакос. В ту же эпоху византийцы строят укрепленные замки. Один из таких замков, Кастро Калогеру, возведен на вершине невысокой, но труднодоступной горы на северном краю острова. В западной части впадины Трагея находится замок Апано Кастро. В центре острова, на крутой горной вершине расположен замок Апалиру, а у подножия этой горы раньше находилась столица византийского Наксоса.
Венецианское господство (1207-1537 гг.). В 1207 г. Марко Санудо высадился со своей командой в бухте Агияссос и после осады захватил остров. Впоследствии он один за другим подчинил себе еще 18 островов Эгейского моря, основал Герцогство Эгейское, центром которого стал Наксос, и установил феодальный строй. Столица острова была перенесена из замка Апалиру на место нынешней Хоры. На холме, представляющем собой естественный акрополь столицы, Санудо возвел замок (Кастро в Хоре), использовав при этом материалы из развалин древнего города. Знать построила собственные венецианские башни в пригородах для летнего отдыха, а также для защиты в случае пиратских набегов. К более поздней эпохе (17 век) относятся башня Агияс (разрушена пожаром) на севере острова и башня-монастырь «Панагия Ипсилотера» рядом с деревней Галини.
Туркократия (1537-1829 гг.). Наксос остается в подчинении у османов вплоть до 1829 г., когда он официально вошел в состав греческого государства.
Новейший период. Памятником новейшей истории острова стали шахты по добыче наждака в восточной части Наксоса на дороге в Лионас. Объемы сельскохозяйственной и животноводческой продукции Наксоса полностью обеспечивают внутреннее потребление. Туризм активно развивается на острове с 80-ых годов прошлого века.