L'âge de la pierre: Des découvertes archéologiques montrent l'existence d'une société développée du 4ème siècle avant Jésus-Christ. Depuis ce moment, Naxos était toujours habitée.
L'âge du bronze (3200-1100 avant Jésus-Christ):Naxos est devenu un centre important de la civilisation cycladique pendant le 3ème millenium avant Jésus-Christ. Les découvertes des excavations de cette période historique sont exposées au musée archéologique de Naxos à Chora et au musée archéologique d'Apeiranthos.
À l'aube du 2ème millenium avant Jésus-Christ, les Minoens deviennent les dominants de l'Égée et ensuite, ils ont été succédés par les Mycéniens. Les centres mycéniens de la Grèce centrale deviennent très importants et utilisent les Cyclades afin de se répandre vers l'est. Une partie de la capitale Mycénienne de Naxos (1300 avant Jésus-Christ), a été découverte sous la place de la citadelle, à Chora (site archéologique de Grotta)
Les siècles obscurs (1100-700 avant Jésus-Christ):Pendant la période suivante, Naxos devient une colonie des Ioniens et une époque de grand développement commence pour l'île.
L'époque archaïque (700-480 avant Jésus-Christ): Le développement a atteint son point culminant pendant cette époque (7ème - 6ème siècle avant Jésus-Christ) et elle est accompagnée par l'efflorescence des arts et surtout de la sculpture et de l'architecture. La richesse du sous-sol de Naxos y a joué un rôle important, c'est à dire les marbres abondants qui étaient les matières premières et l'émeri qui servait au polissage final des œuvres. La sculpture de l'époque archaïque à Naxos est représentée par deux énormes "Kouroi" terminés à moitié. La recherche archéologique à la campagne de Naxos a aussi révélé deux sanctuaires très importants de cette période, le sanctuaire d'Iria, au sud de Chora, au site Livadi, et le sanctuaire de Guroulas, près du village Sagkri. Le grand temple d'Apollon (Portara) au bout du port, a l'îlot Palatakia, date aussi de la même période (6ème siècle avant Jésus-Christ). Naxos a été détruite par les Persans en 490 avant Jésus-Christ.
L'époque classique (480-323 avant Jésus-Christ): Après l'anéantissement finale des Persans par les Grecs, Naxos devient membre de la Confédération Athénienne.
L'époque hellénistique (323-41 avant Jésus-Christ):Le "Château de Cheimarros", près du village "Filoti", un monument très important de Naxos date aussi de cette époque. Entre le village "Tripodes" et la plage de Plaka il y a un autre château grec ancien, c'est à dire " Palaiopyrgos de Plaka".
L'époque Romaine (41-330 après Jésus-Christ): En 41 avant Jésus-Christ, Naxos est devenue une province romaine et un lieu d'exile.
L'époque byzantine: (330-1207 après Jésus-Christ): L'arrivée du Christianisme (4ème siècle après Jésus-Christ) coïncide avec une période d'obscurité à Naxos. Beaucoup d'églises ont été bâties sur des sanctuaires anciens. Aujourd'hui, les églises à Naxos sont plus de 500. Les églises de "Panagia Drosiani", près du village Moni, et Panagia Protothroni, au village Chalki, sont des monuments très importants de cette époque. Le Monastère fortifié de " Fotodotis Christos" hors du village Danakos, date de l'époque byzantine. Au même temps, les Byzantins bâtissent des châteaux, comme par exemple le "Château de Kalogeros" sur une montagne pas haute mais très impraticable, au nord bout de l'île. À l'ouest du bassin de Tragea, on peut trouver le château "Apano Kastro". Le château d'Apaliros est aussi à Naxos centrale, au sommet d'une montagne escarpée, au pied de laquelle la capitale de Naxos byzantine était bâtie.
L'occupation vénitienne (1207 - 1537 après Jésus-Christ):En 1207, Marco Sanudo et ses hommes débarquent à la baie d'Agiassos, et après du siège ils prennent l'île. Ensuite, il prend encore 18 îles de l'Égée, il crée le Duché de l'Égée la capitale duquel est Naxos, et il impose la féodalité. Il transfère la capitale du Château d'Apaliros au lieu où se trouve Chora. Marco Sanudo, a bâti le Château de Chora à la colline qui était la citadelle naturelle de la ville en utilisant des matériaux de la ville ancienne. Les gouverneurs ont bâti leurs châteaux à la campagne (les châteaux vénitiens) soit pour avoir des maisons de vacances soit pour éviter les attaques des pirates. Quelques châteaux plus récents (17ème siècle) sont le Château d'Agia (il a été récemment détruit à cause d'un incendie) aux côtes du nord de Naxos, et le château-monastère de " Panagia Ypsilotera" hors du village "Galini".
L'occupation Ottomane (1537-1829 après Jésus-Christ): Naxos était sous l'occupation Ottomane jusqu'à 1829, au moment où elle a fait partie de l'État Hellénique.
Période moderne: Les mines d'émeri, à l'est de l'île et en route pour Lionas, sont un monument de l'histoire moderne de l'île. Les produits d'agriculture et d'élevage de Naxos donnent de l'indépendance économique à l'île. Le tourisme est venu à Naxos pendant la décennie '80.