Ο κλασικός μύθος θέλει θαμμένους κάτω από τους επιβλητικούς βραχώδεις σχηματισμούς της Μυκόνου τους Γίγαντες, που εξόντωσε ο Ηρακλής κατά τη Γιγαντομαχία. Το όνομά της φαίνεται να δηλώνει το "σωρό λίθων" ή τον "πετρώδη τόπο". Κατά μία μεταγενέστερη παράδοση, το νησί συνδέεται με τον ήρωα Μύκονο, γιο του βασιλιά της Δήλου Άνιου.
Κάρες και Φοίνικες ήταν οι πρώτοι κάτοικοι της Μυκόνου, αλλά οι Ίωνες εγκαταστάθηκαν και κυριάρχησαν εδώ γύρω στο 1000 π.Χ. Αναφέρεται ότι στο νησί υπήρχαν δύο πόλεις, ότι στάθμευσαν εδώ ο Δάτις κι ο Αρταφέρνης το 490 π.Χ. κι ότι ήταν μάλλον νησί φτωχό. Λατρεύονταν εδώ κυρίως ο Διόνυσος, η Δήμητρα, ο Δίας, ο Απόλλων, ο Ποσειδώνας κι ο Ηρακλής.
Οι Ρωμαίοι κατακτητές έδωσαν τη θέση τους στους Βυζαντινούς , οι οποίοι τον 7ο αιώνα έκτισαν στο νησί αμυντικά έργα κατά των Αράβων πειρατών, και κράτησαν στην κυριαρχία τους τη Μύκονο μέχρι τον 12ο αιώνα.
Μετά τη θλιβερή κατάληξη της Δ΄ Σταυροφορίας το 1204, το νησί παραχωρείται στους Ανδρέα και Ιερεμία Γκύζη. Το 1292 λεηλατείται από Καταλανούς και αφήνεται πάλι στον άμεσο έλεγχο των Βενετών. Έκτοτε, απετέλεσε ενιαία ενετική εδαφική κτήση μαζί με την Τήνο. Κατά τη διάρκεια της επικυριαρχίας των Βενετών, καταστρέφεται από το Μπαρμπαρόσα, ναύαρχο του Σουλεϊμάν του Μεγαλοπρεπούς.
Επί Οθωμανών, υπάγεται στη δικαιοδοσία του αρχηγού του Οθωμανικού στόλου, του Καπουδάν-Πασά και σχεδόν αυτοδιοικείται κατά το σύστημα της εποχής, έχοντας Βοεβόδα και Επιτρόπους, που προσπαθούν όπως μπορούν να κρατήσουν ίσες αποστάσεις από Τούρκους και Βενετούς.
Ο πληθυσμός της Μυκόνου που κυμαίνονταν, κατά κανόνα, τη νεώτερη περίοδο μεταξύ 2.000 και 5.000 ψυχών ενισχύθηκε μέχρι τα τέλη του 18ου - αρχές του 19ου αιώνα, από πάροικους από την Κρήτη ή τα κοντινότερα νησιά Νάξο, Φολέγανδρο, Σίκινο, Κίμωλο κ.λπ. ύστερα από λιμούς και επιδημίες, επακόλουθα των συχνών πολέμων. Το νησί, υπήρξε σημαντικός σταθμός ανεφοδιασμού για τα ξένα εμπορικά πλοία. Οι Μυκονιάτες, την ίδια περίοδο, επιδόθηκαν βαθμιαία με επιτυχία στη ναυτιλία και το εμπόριο, έχοντας δοκιμαστεί προηγουμένως και στην πειρατεία.
Κατά την Επανάσταση του 1821, οι Μυκονιάτες οδηγημένοι από την Μαντώ Μαυρογένους (γόνο ισχυρής αριστοκρατικής οικογένειας και μεγαλωμένη στην Τεργέστη με τις ιδέες του Διαφωτισμού), αποκρούουν με επίθεση μοίρας του Τουρκικού στόλου (1822) και συμμετέχουν στον απελευθερωτικό αγώνα.
Με τη σύσταση του νέου ελληνικού κράτους, η Μύκονος έχει μία δυναμική αστική και μικροαστική τάξη, που καλλιεργεί ιδιαίτερα τους δεσμούς της με τη νότια Ρωσία, την Ιταλία, τη Γαλλία, την Αλεξάνδρεια, τη Σμύρνη, την Κωνσταντινούπολη, και την ανερχόμενη Σύρο.
Η πλήρης επικράτηση όμως της τεχνολογίας του ατμού προς τα τέλη του 19ου αι. και η διάνοιξη της Διώρυγας της Κορίνθου (1904) της αφαίρεσαν τη δύναμή της και πολλοί Μυκονιάτες ξενιτεύονταν σε αναζήτηση καλύτερης τύχης, κάποιοι στο εξωτερικό (Ρωσία μέχρι τον 1ο Παγκόσμιο πόλεμο, ύστερα Η.Π.Α.) και άλλοι στα νέα αστικά κέντρα του εσωτερικού (Πειραιάς, Αθήνα).
Οι αρχαιολογικές ανασκαφές, που είχε ξεκινήσει από το 1873 στη Δήλο η Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή της Αθήνας, καθιέρωσαν την περιοχή στη συνείδηση της αλλοδαπής και ντόπιας "ελίτ" που είχε την άνεση και την επιθυμία να ταξιδέψει στην Ελλάδα. Ήδη, από το 1930 αρκετοί διάσημοι επώνυμοι επισκέπτονταν το νησί και ανακάλυπταν μαζί με τις εντυπωσιακές αρχαιότητες της Δήλου, τις δικές του σπάνιες χάρες. Με την αλματώδη ανάπτυξη της βιομηχανίας του τουρισμού στη νότια Ευρώπη μεταπολεμικά, η Μύκονος αφομοιώνει αρκετά καλά τα νέα δεδομένα και, με την εργατικότητα, το αμίμητο "στυλ" και την επιχειρηματική αντίληψη των ανθρώπων της, διεκδικεί μια από τις πιο αξιοζήλευτες θέσεις στη διεθνή τουριστική αγορά.