Китнос получил свое название от имени Китноса, предводителя дриопов и первого поселенца острова. По другой версии название Китнос восходит к глаголу «кевто» («прячу») – в этом случае топоним толкуется как «укрытие».
Во время недавних раскопок в области Марула были обнаружены свидетельства того, что остров населялся уже в эпоху мезолита, значит, возможно, именно на Китносе находятся древнейшие человеческие поселения во всех Кикладах.
В 13 веке до н.э., согласно Геродоту, дриопы прибыли на остров и возвели циклопические стены и прекрасные храмы.
Следующими жителями острова стали ионийцы. В войнах с персами участвовала и триера Китноса, который вошел в состав Афинского морского союза. Позднее остров стал частью римской империи, а при Византии – частью Эгейской провинции.
В период господства республики Святого Марка остров был завоеван венецианцем Марко Санудо, который назвал его «Термия» из-за теплых вод, омывающих Китнос. Остров остается о власти венецианцев и после набега Барбароссы (1537 г.), а во время Русско-турецкой войны переходит к России.
В 1827 г. острову было возвращено название Китнос, под которым он и вступил в освободительное движение против османов. В годы правления короля Отона остров стал местом ссылки революционеров и политических противников. В 1862 повстанцы с Сироса, намеренные освободить диссидентов, вступили в столкновение с правительственными войсками в бухте Агия Ирини. Исходом конфликта стало подавление восстания, а мятежники Леоцакос, Мораитинис и Скравелис погибли.
Сегодня жители Китноса работают в сфере туризма, не оставляя своих традиционных сельскохозяйственных и других занятий. Гостям острова предлагается идеальное сочетание живописного кикладского пейзажа, чистейшего моря и свежих местных продуктов: мяса, рыбы, сыров, фруктов и овощей.