La parola fenice “phelekgundari” significa terra rocciosa ed è una delle più probabili ipotesi della provenienza del nome di Folegandros. Un'altra ipotesi è che l'isola presse il suo nome dal nome del primo abitante Folegandros, figlio di Minoa re di Creta. Nel periodo della dominazione Veneziana il nome ufficiale fù “Polikandros”.
Folegandros dopo la caduta di Costantinopolis ai Franchi il 1204 e la dominazione Veneziana all'Egeo, divenne il posto per il quale lottarono Franchi contro Tutchi. I Franchi con l'aiuto di Francia, dominarono definitivamente su Folegandros il 1617.
Il 1715 Folegandros stette sotto la dominazione Turca e venne unita con la Grecia il 1828.
Negli anni della dittatura di Metaxas, Folegandros divenne un posto di esilio, esattamente come stette nel periodo Romano.