Pendant la période historique, les premiers résidents d'Antiparos étaient les Phéniciens de Sidon, qui ont été succédés par plusieurs conquérants. Pendant l'antiquité, Antiparos était connue par le nom "Oliaros" et son développement historique est surtout associé avec ce de Paros, de laquelle elle a été une partie intégrante. La première mention d'Antiparos avec son nom d'aujourd'hui est faite au 13ème siècle. Mais, le mot est ancien parce que selon la mythologie, Antiparos était l'un de 50 fils d'Égyptos, qui a été assassiné avec ses 48 frères par Kritomithea qui était une de 50 Danaïdes.
Pendant la période byzantine et jusqu'au début du 13ème siècle et la Révolution Grecque en 1821, l'île souffre des attaques des pirates de l'Algérie, de la Crète, de Céphalonie etc. En 1537, Antiparos et les autres îles des Cyclades sont prises par les Ottomans et le pirate Barberousse. Pendent cette période, Antiparos a subi beaucoup de destructions par les attaques des pirates et des conquérants. Les résidents de l'île ont été des premiers qui ont participé à la guerre d'indépendance contre les Turcs. L'île a officiellement formé partie de l'État Hellénique en 1832.
Pendant la Seconde Guerre Mondiale, elle a été utilisée comme une base secrète des allies et "Opération Antiparos" a été un grand chapitre de l'histoire de cette période en résultant à l'arrestation et l'exécutions des Grecs ainsi que des allies.