En la Antigüedad Amorgos se llamaba Pagkali, Psichia, Karkisia y Melania. Según antiguos geógrafos y lexicógrafos tenía tres ciudades, la Arkesini (zona Kastri), la Minoa (zona Mountoulia Katapolon), la Egiali (zona Vigla en Tholaria). Los hallazgos históricos remontan los primeros habitantes en Amorgos en el siglo V a.C. y muestran la presencia de la civilización cicládica en la isla y sus contactos con Naxos, Paros y otras zonas más lejanas.
En el tercer milenio a.C. la civilización cicládica deja huellas con las famosas estatuillas. Sigue la Civilización micénica. A continuanuación la isla se coloniza por los Milisios de Asia Menor y los Naxios y Amorgos participa en la A´Liga Ateniense. En los siglos II - III a.C. los protectores de la isla cambian constantemente igual que su dependencia de los macedonios, ptolemeos, samios, rodios y romanos. Predomina la adoracion de los años helenísticos y en siglo IV d.C. se observa cristianización de los antiguos lugares de adoro. Ataques de los piratas sarracenos obligan a los habitantes a fortificarse en el Castillo, el Kastri y las 23 torres de la isla.
La llegada de la imagen milagrosa de la Virgen de Chozoviotisa desde Palestina se remonta al periodo de la Iconoclasia. En 1088 se realiza la renovación del monasterio por el emperador Alexio Komnino.
Sigue el dominio veneciano. Restos arquitectónicos de la época son la torre de Gavra, el Kato Lakos y las pavimentadas de piedra Lozes.
Después llegamos al dominio turco, un periodo de gran desarrollo económico y renacimiento eclesiástico en Amorgos. En 1822 Amorgos es la sede de la Provincia del, bajo constitución, estado griego. En 1829 se construye una de las primeras escuelas griegas, con gastos del monasterio de la Virgen Chozoviotisa.
Posteriormente a la segunda Guerra Mundial la pobación se reduce a causa de la migración de los habitantes de la isla tanto en el interior como en el exterior. Los últimos 20 años se nota un desarrollo rápido del turismo.