Στην αρχαιότητα η Αμοργός ονομάζονταν Παγκάλη, Ψυχία, Καρκησία και Μελανία. Σύμφωνα με αρχαίους γεωγράφους και λεξικογράφους είχε τρεις πόλεις, την Αρκεσίνη (θέση Καστρί), τη Μινώα (θέση Μουντουλιά Καταπόλων), την Αιγιάλη (θέση Βίγλα στα Θολάρια). Τα ιστορικά ευρήματα ανάγουν την πρώτη κατοίκηση στην Αμοργό στην 5η π.Χ. χιλιετία, και μαρτυρούν για το πολιτιστικό υπόβαθρο του Κυκλαδικού Πολιτισμού στο νησί και για τις σχέσεις της Αμοργού με τη Νάξο, τη Πάρο και άλλες απομακρυσμένες περιοχές.
Στη 3η χιλιετία π.Χ. αφήνει τα ίχνη του ο Κυκλαδικός πολιτισμός με τα πασίγνωστα ειδώλια. Ακολουθεί ο Mυκηναϊκός πολιτισμός. Στη συνέχεια γίνεται εποικισμός από Μιλησίους της Μικρασίας και Ναξίους και η Αμοργός συμμετέχει στην Α΄ Αθηναϊκή Συμμαχία. Υπάρχει συνεχής εναλλαγή κηδεμόνων του νησιού απ’ τον 3ο -2ο π.Χ. αι. και εξάρτησή από τους Μακεδόνες, Πτολεμαίους, Σαμίους, Ροδίους και Ρωμαίους. Επικρατούν οι λατρείες των Ελληνιστικών χρόνων, και στον 4ο αι. μ.Χ. παρατηρείται εκχριστιανισμός των αρχαίων λατρευτικών χώρων. Επιδρομές Σαρακηνών πειρατών αναγκάζουν τους κατοίκους να οχυρωθούν στο Κάστρο, το Καστρί και στους 23 πύργους του νησιού.
Η άφιξη από την Παλαιστίνη της Θαυματουργής Εικόνας της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας χρονολογείται την περίοδο της Εικονομαχίας. Το 1088 γίνεται η ανακαίνιση της Μονής από τον αυτοκράτορα Αλέξιο Κομνηνό.
Ακολουθεί η Ενετοκρατία. Αρχιτεκτονικά λείψανα της εποχής ο πύργος του Γαβρά, ο Κάτω Λάκκος και οι πλακόστρωτες Λόζες.
Φθάνουμε στην Τουρκοκρατία, μία περίοδο κατά την οποία σημειώνεται οικονομική ακμή και εκκλησιαστική αναγέννηση στην Αμοργό. Το 1822 η Αμοργός γίνεται έδρα Επαρχείου του, υπό σύσταση, ελληνικού κράτους. Το 1829 με δαπάνες της Μονής της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας ανεγείρεται ένα από τα πρώτα ελληνική σχολεία.
Μετά το Β΄ παγκόσμιο πόλεμο μειώνεται ο πληθυσμός εξαιτίας της εσωτερικής και εξωτερικής μετανάστευσης των Αμοργιανών. Τα τελευταία 20 έτη σημειώνεται ραγδαία ανάπτυξη του τουρισμού.