Amorgos, la isla del azul profundo, se ubica en la punta surestede de las Cícladas, entre Naxos, las Cícladas Menores y Astipalea. Constituye el paso natural, el puente de comunicación entre las Cícladas y las islas de Dodekanisa. Está a 136 millas marinas de distancia de Pireus.
Dispone de dos puertos naturales, Katapola en el centro y Egiali en el norte. Gran parte de su costera es excesivamente rocosa y termina bruscamente en el mar. De forma alargada (longitud 18 millas y latitud de 1,5 a 5 millas) la isla tiene un perímetro 112 km.
El paisaje montañoso aparece más salvaje y brusco en la zona de Egiali donde se encuentra la cima más alta (Kroukelos 821 m), en el centro de la isla (Profitis Ilias 698 m) y en el oeste (Montaña blanca, Montaña del pueblo ó Korakas 630 m). Entre esos macisos montañosos se insertan pequeñas valles con principales la de Kalofana en el oeste, Katapola en el centro y de Egiali en el norte y más pequeñas la de Kamari, Arkesini y Ag. Pavlou.
La historia geológica de Amorgos difiere de las demás islas, con la roca más antigua la pizarra y más nueva la caliza, las que ocupan la mayor parte de la isla. Su forma actual fue determinada 700.000 años antes aproximadamente con la hinundación de grandes partes continentales y la formación de su volumen insular.
La vegetación, típica de las Cícladas, es escasa y arbustiva con schinos, prinous, aspartous y frigana excepto los valles fertiles de Katapola, Kato Merias y Egialis donde se encuentran densos olivares y otros árboles fructíferos. Vides y hortalizas de calidad superior y pocos cereales se cultivan en las montañas por toda la isla. Aunque la vegetación de la isla es pobre en densidad y tamaño, la variedad de las plantas endémicas es rica especialmente la de las raras hierbas con virtudes terapéuticas.
El clima en general es agradable y se parece al clima de las demás islas. Localmente la zona de Egiali es calurosa durante el verano por la naturaleza física del terreno cuya morfología no permite a los frescos vientos del norte del verano(meltemia) a llegar al interior de la isla.