Εποχή του λίθου. Αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν την ύπαρξη μιας αναπτυγμένης κοινωνίας, ήδη από την 4η χιλιετία π.Χ. Από τότε η Νάξος κατοικείται συνεχώς.
Εποχή του χαλκού ( 3200-1100 π.Χ.). Η Νάξος παρουσιάζεται δυναμικά στο χώρο του Αιγαίου την 3η χιλιετία π.Χ. σαν σημαντικό κέντρο του λεγόμενου "Κυκλαδικού Πολιτισμού". Τα ευρήματα των ανασκαφών εκείνης της ιστορικής περιόδου, εκτίθενται στο αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου στη Χώρα και στο αρχαιολογικό μουσείο της Απειράνθου.
Στην αυγή της 2ης χιλιετίας π.Χ. την σκυτάλη της ναυτικής κυριαρχίας στο Αιγαίο παίρνουν οι Μινωίτες, για να την παραδώσουν με την σειρά τους, στα μέσα της χιλιετίας, στους Μυκηναίους. Το κέντρο βάρους των εξελίξεων μετατοπίζεται στα Μυκηναϊκά κέντρα της κυρίως Ελλάδας που χρησιμοποιούν τις Κυκλάδες σαν γέφυρες για την εξάπλωσή τους προς την Ανατολή. Ένα τμήμα της Μυκηναϊκής πρωτεύουσας της Νάξου (1300 π.Χ.), αποκαλύφθηκε κάτω από την πλατεία της μητρόπολης, στη Χώρα (αρχαιολογικός χώρος Γκρόττας).
Γεωμετρική εποχή (1100-700π.Χ.). Στα χρόνια που ακολουθούν η Νάξος εποικίζεται από Ίωνες και αρχίζει για το νησί μία μεγάλη περίοδος ανάπτυξης.
Αρχαϊκή εποχή (700-480 π.Χ.). Η ανάπτυξη κορυφώνεται τους Αρχαϊκούς χρόνους (7ος - 6ος αι. π.Χ.) και συνοδεύεται από την άνθηση των τεχνών, ιδιαίτερα της γλυπτικής και της αρχιτεκτονικής. Σε αυτό βοήθησε ο πλούτος του υπεδάφους της Νάξου, το άφθονο μάρμαρο που ήταν η πρώτη ύλη και η σμύριδα που χρησίμευε για την τελική λείανση των έργων. Η γλυπτική της Αρχαϊκής εποχής αντιπροσωπεύεται στη Νάξο από τους δύο υπερμεγέθεις μισοτελειωμένους Κούρους, τον Κούρο των Μελάνων και τον Κούρο του Απόλλωνα. Η αρχαιολογική έρευνα αποκάλυψε επίσης στην ύπαιθρο της Νάξου, δύο πολύ σημαντικά ιερά των Αρχαϊκών χρόνων, το Ιερό των Υρίων, νότια της Χώρας, στη θέση Λιβάδι και το Ιερό του Γύρουλα, κοντά στο χωριό Σαγκρί. Στην ίδια εποχή ( 6ος αι. π.Χ.) ανήκει και ο μεγάλος ναός του Απόλλωνα (Πορτάρα), στο νησάκι Παλάτια, στην άκρη του λιμανιού. Το 490 π.Χ. η Νάξος καταστράφηκε από τους Πέρσες.
Κλασική εποχή (480-323 π.Χ.). Μετά την οριστική συντριβή των Περσών από τους Έλληνες, η Νάξος γίνεται μέλος της Αθηναϊκής Συμμαχίας
Ελληνιστική εποχή (323- 41 π.Χ.). Στους Ελληνιστικούς χρόνους ανήκει, ένα σπουδαίο μνημείο της Νάξου, ο «Πύργος του Χειμάρρου», κοντά στο χωριό Φιλώτι. Ένας άλλος αρχαίος ελληνικός πύργος είναι ο«Παλαιόπυργος της Πλάκας», ανάμεσα στο χωριό Τρίποδες και την παραλία της Πλάκας.
Ρωμαϊκή εποχή (41 π.Χ -330 μ.Χ.). Το 41 π.Χ. η Νάξος έγινε ρωμαϊκή επαρχία και χρησιμοποιήθηκε σαν τόπος εξορίας.
Βυζαντινή εποχή (330-1207 μ.Χ.). Η έλευση του Χριστιανισμού (4ος αι. μ.Χ.) βρίσκει τη Νάξο σε περίοδο αφάνειας. Πολλές εκκλησίες κτίστηκαν πάνω σε αρχαία ιερά. Σήμερα οι εκκλησίες στη Νάξο ξεπερνούν τις πεντακόσιες. Η Παναγία η Δροσιανή, κοντά στο χωριό Μονή και η Παναγία η Πρωτόθρονη, στο χωριό Χαλκί, αποτελούν σημαντικά μνημεία της Παλαιοχριστιανικής περιόδου. Στους Βυζαντινούς χρόνους ανήκει χρονολογικά και το οχυρωμένο μοναστήρι του Φωτοδότη Χριστού, έξω από το χωριό Δανακός. Την ίδια περίοδο οι Βυζαντινοί κτίζουν κάστρα. Ένα τέτοιο κάστρο ήταν και το Κάστρο του Καλόγερου, κτισμένο στην κορυφή χαμηλού αλλά εξαιρετικά δύσβατου βουνού, στη βόρεια άκρη του νησιού. Στα δυτικά του λεκανοπέδιου της Τραγέας, βρίσκεται το Απάνω Κάστρο. Στη κεντρική Νάξο βρίσκεται και το Κάστρο του Απαλίρου, κτισμένο στην κορυφή απότομου βουνού. Στους πρόποδές του βρισκόταν η πρωτεύουσα της Βυζαντινής Νάξου.
Ενετοκρατία (1207-1537 μ.Χ). Το 1207 ο Μάρκος Σανούδος, αποβιβάζεται με τους άντρες του στον όρμο της Αγιασσού, και μετά από πολιορκία κατακτά το νησί. Διαδοχικά κατακτά και άλλα 18 νησιά του Αιγαίου, ιδρύει το Δουκάτο του Αιγαίου με έδρα τη Νάξο, και επιβάλει την φεουδαρχία. Μεταφέρει την πρωτεύουσά του, από το κάστρο του Απαλίρου, στη θέση της σημερινής Χώρας. Στο λόφο που αποτελεί την φυσική ακρόπολη της πόλης, ο Σανούδος, έκτισε το Κάστρο της Χώρας χρησιμοποιώντας υλικά από την αρχαία πόλη. Οι άρχοντες έκτισαν στην ύπαιθρο τους πύργους τους (ενετικοί πύργοι) είτε για θερινή κατοικία είτε για προστασία σε περίπτωση πειρατικών επιδρομών. Νεότεροι πύργοι (17ος αι.) είναι ο Πύργος της Αγιάς (καταστράφηκε τα τελευταία χρόνια από πυρκαγιά) στις βόρειες ακτές της Νάξου, και ο πύργος-μοναστήρι της Παναγίας της Υψηλοτέρας, έξω από το χωριό Γαλήνη.
Τουρκοκρατία (1537-1829μ.Χ). Η Νάξος παρέμεινε υπόδουλη στους Τούρκους μέχρι το 1829, ημερομηνία κατά την οποία εντάχτηκε στο ελληνικό κράτος.
Νεότεροι χρόνοι. Μνημείο της νεότερης ιστορίας του νησιού αποτελούν τα σμυριδωρυχεία, στην ανατολική πλευρά του νησιού στο δρόμο προς τον Λιόνα. Τα γεωργικά και κτηνοτροφικά προϊόντα της Νάξου δίνουν στο νησί οικονομική αυτάρκεια. Ο τουρισμός ανακάλυψε τη Νάξο ουσιαστικά την δεκαετία του '80.