Η Παναγία: Είναι η σπουδαιότερη εκκλησία της Φολέγανδρου, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Βρίσκεται σκαρφαλωμένη στο βράχο πάνω από τη Χώρα και είναι χτισμένη στη θέση αρχαίου Ιερού. Στον αυλόγυρο και στο εσωτερικό του Ναού υπάρχουν εντοιχισμένες αρχαίες επιγραφές και βάσεις αγαλμάτων. Πρόκειται για μονόκλιτη πολύτρουλη βασιλική με ψηλό καμπαναριό. Υπάρχει μαρμάρινη επιγραφή του 1687 που αναφέρεται στην ανακαίνιση του ναού ο οποίος πήρε τη σημερινή του μορφή με επισκευές που ξεκίνησαν το 1816 και τελείωσαν το 1821. Το μαρμάρινο τέμπλο, ο αρχιεπισκοπικός θρόνος και ο άμβωνας είναι έργα του Τηνιακού μαρμαρογλύπτη Καπαριά. Η θαυματουργή βυζαντινή εικόνα της Παναγίας που φυλάσσεται στην εκκλησία, συνδέεται με πειρατικές ιστορίες και θρύλους της Φολεγάνδρου. Για να φτάσετε στην Παναγία, ακολουθείστε το λιθόστρωτο που ξεκινάει από την πλατεία της Πούντας (διαδρομή 15').
Κάστρο: Το Κάστρο είναι Μεσαιωνικός οικισμός, το παλιό κομμάτι της Χώρας. Η βορινή του πλευρά είναι χτισμένη στο χείλος του γκρεμού σε ύψος 210 μέτρων. Τα σπίτια, αρκετά από τα οποία μετρούν πάνω από δέκα αιώνες ζωής, είναι όλα κατοικημένα και σε πολύ καλή κατάσταση. Το Κάστρο είναι το διατηρητέο τμήμα του παραδοσιακού οικισμού της Χώρας και προστατεύεται από την ΚΑ Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας.
Λαογραφικό Μουσείο: Πρόκειται για μία παραδοσιακή αγροτική οικιστική μονάδα («θεμωνιά») του 19ου αιώνα, στην Άνω Μεριά. Στους χώρους του θα δείτε την αναπαράσταση ενός τυπικού αγροτικιύ νοικοκυριού, όπως αυτό λειτουργούσε μέχρι τα μέσα του 20ου αιώνα. Το Μουσείο ίδρυσε και διαχειρίζεται ο πολιτιστικός σύλλογος "Η Φολέγανδρος".
Χρυσοσπηλιά: Η Χρυσοσπηλιά είναι ένα θεαματικό φυσικό μνημείο. Βρίσκεται στη βορειοανατολική πλευρά του νησιού, δέκα μέτρα πάνω από τη θάλασσα και είναι ανεξερεύνητο. Στο εσωτερικό του σπηλαίου βρέθηκαν λείψανα ανθρώπινων σκελετών, σπασμένα αγγεία και μια ρωμαϊκή δεξαμενή νερού. Τον 4ο αιώνα π.χ. αιώνα υπήρξε λατρευτικός χώρος και τόπος τέλεσης τελετών ενηλικίωσης. Ασφαλής πρόσβαση στο σπήλαιο γίνεται από τη θάλασσα μόνο με καλοκαιρία.
Ο Φάρος της Ασπρόπουντας: Ο Φάρος χτίστηκε το 1919 σε ύψος 58 μ. πάνω από τη θάλασσα και το φανάρι του έχει ύψος 11 μ. Το φως του είναι ορατό σε απόσταση 17 ν.μ. Στην αρχή της λειτουργίας του ο φάρος άναβε με φυτίλι, στη συνέχεια με μηχανισμό πετρέλαιο - ατμού, ενώ από το 1986 λειτουργεί με ηλιακή ενέργεια. Στο φάρο θα φθάσετε με τα πόδια είτε από το Λιβαδάκι (15'), είτε από την Πάνω Μεριά.